La Caisse procède pour les employeurs assujettis à la surveillance du respect de la législation sur les congés payés et intempéries à l'aide de contrôleurs assermentés qui disposent, pour l'accomplissement de leur mission des mêmes pouvoirs que ceux qui sont attribués aux inspecteurs du Travail (article L.3141-31 du Code du travail).

Les contrôles sont de deux natures :

> Sur le terrain et plus précisément sur le chantier. Il s’agit là de contrôles inopinés en vue de vérifier notamment si les salariés en situation de production sont tous bien identifiés auprès de la caisse.

> Administratif, au siège de l’entreprise ou bien en cabinet comptable. Ces contrôles là font l’objet d’une convocation préalable ; en cas d’indisponibilité du chef d’entreprise ou de son représentant, la date du contrôle peut être reportée sous réserve que le motif invoqué soit motivé.

Le rôle des contrôleurs de la Caisse tend à prendre de l’ampleur au fil des années ;
Ils sont aujourd’hui le lien permanent entre la caisse et ses adhérents.

Le contrôleur peut conseiller l’entreprise lorsqu’elle constate un certain nombre d’anomalies, dysfonctionnements ou autres questions du type :

> Inadéquation de la D.N.A avec le cumul des DSA,
> Modalités de déclaration de la taxe d’apprentissage et formalités administratives,
> Modalités de déclaration d’arrêt de travail et demande de remboursement des intempéries,
> Assiette de calcul de la cotisation congés payés,
> Modalités de Remboursement des cotisations patronales de retraite et prévoyance des E.T.A.M et des cadres,

… et toutes autres questions que les entreprises potentiellement peuvent se poser.

Depuis 2007, les contrôleurs s’assurent également du port de la Carte d’Identification Professionnelle par l’ensemble des salariés présents sur le chantier contrôlé.
Ce nouveau dispositif, lancé à l’échelon national et qui a reçu l’aval de la Délégation Interministérielle de Lutte contre le Travail Illégal (D.I.L.T.I), vise à renforcer le contrôle des salariés sur les chantiers et ainsi contribuer activement à la lutte contre le travail clandestin ou dissimulé.